Foruden Niels Wessel Bagges formue arvede fonden hans store samling af kunst og kunsthåndværk, som ifølge testamentet skulle placeres på et dansk museum.

Da Niels Bagges samling blev overflyttet fra USA til Danmark i 1994, blev museumsinspektør Hanne Pedersen ansat af fonden til at registrere og beskrive samlingen og foretage en midlertidig opstilling af denne, med henblik på at en endelig placering på et museum kunne finde sted. Fondens bestyrelse arbejdede i flere år på at finde den rette placering for samlingen, som bestod af en stor samling moderne amerikansk kunst, en betydelig præcolumbiansk og anden etnografisk samling og endelig en biografisk og familiemæssig del. De forskellige dele af samlingen var så store og så forskellige, at placering på ét museum ikke var muligt. Derfor er samlingen blevet fordelt på en måde, så bestyrelsen føler, at de enkelte dele har fundet deres rette plads og nu er i de bedste hænder.

De enkelte dele af samlingen er placeret på følgende museer, som hver for sig har arrangeret eller arrangerer særudstillinger af materialet:

ARoS Aarhus Kunstmuseum har modtaget samlingens moderne kunst, som har været præsenteret på en særudstilling i sommeren 2002. 

Søllerød Museum har modtaget samlingens biografiske og familiemæssige del, som blev vist på en særudstilling i sommeren 2003.

Louisiana Museum for moderne kunst har modtaget den præcolumbianske kunst samt øvrige etnografika, som blev vist på en særudstilling i vinteren 2003/2004.

Endelig har Det Kongelige Bibliotek modtaget gamle breve m.v. og Keramikmuseet Grimmerhus har modtaget moderne keramik.

Bestyrelsen mener, med denne placering af samlingen, at have opfyldt Niels Wessel Bagges ønske om at bevare disse mange dele i danske museer.